Balai Besar Wilayah Sungai Brantas, disebut sebagai “BBWS Brantas”, terbentuk pada tahun 2006, sejalan dengan diterapkannya otonomi daerah yang membagi tugas, wewenang dan kekuasaan antara Pemerintah Pusat dan Pemerintah Daerah. Berdasarkan Peraturan Menteri Pekerjaan Umum No. 11A/PRT/M/2006 tanggal 26 Juni 2006 yang di perbarui dengan Peraturan Menteri Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat No 04/PRT/M/2015 tentang Kriteria dan Penetapan Wilayah Sungai Pembagian ini secara nyata memberikan batasan atas pengelolaan wilayah sungai oleh Pemerintah Pusat, Pemerintah Provinsi, dan Pemerintah Kabupaten/Kota.

 Perubahan Nama Unit Kerja

Proyek Induk Serbaguna Kali Brantas (Proyek Brantas) 1967

Balai Besar Wilayah Sungai Brantas 2007 – Sekarang 

 Berdasarkan  Permen PUPR No. 16/PRT/M/2020 tentang Organisasi dan Tata kerja Unit Pelaksana Teknis Kementerian PUPR) dalam melaksanakan tugas BBWS Brantas menyelenggarakan fungsi: 

Balai Besar Wilayah Sungai mempunyai tugas melaksanakan pengelolaan sumber daya air di wilayah sungai yang meliputi penyusunan program, pelaksanaan konstruksi, operasi dan pemeliharaan dalam rangka konservasi dan pendayagunaan sumber daya air dan pengendalian daya rusak air pada sungai, pantai, bendungan, danau, situ, embung dan tampungan air lainnya, irigasi, rawa, tambak, air tanah, dan air baku serta pengelolaan drainase utama perkotaan.